Кустуріца народився 24 листопада 1954 року в Сараєво, в той час - столиці союзної республіки Боснія і Герцеговина у складі Югославії (нині Сараєво - столиця незалежної держави Боснія і Герцеговина). Батьки - непрактикуючі мусульмани, але за твердженнями самого Кустуріци, його далекі предки були православними сербами. Батько - Мурат Кустуриця - був членом Комуністичної партії і працював в Міністерстві інформації Боснії і Герцеговини
Навчання в Празі
У віці 18 років Кустуриця поїхав з Сараєва отримувати освіту. Місцем його навчання став факультет кіно та телебачення престижної Академії виконавських мистецтв (FAMU) в Празі (Чехословаччина), випускниками якого в різний час були Мілош Форман, Їржі Менцель і Горан Паскалевич.
Перші свої фільми Кустуріца створив саме під час навчання в Празі - це короткометражні стрічки «Частина правди» (1971) і «Осінь» (1972).
Дипломний фільм Кустуриці - двадцатіпятімінутная стрічка під назвою «Герніка» (1978) - розповідав історію хлопчика з єврейської сім'ї наприкінці 1930-х років. Спрямований проти нацизму й антисемітизму фільм, в якому Кустуріца був режисером, сценаристом і оператором одночасно, отримав головний приз на фестивалі студентського кіно в Карлових Варах.
Сараєво
Повернувшись в Сараєво, Кустуріца створив два фільми для місцевого телебачення. У 1978 він поставив фільм «Наречені приходять» (сербохорв. Nevjeste Dolaze), який, однак, так і не був випущений на екран з морально-етичних міркувань. Пізніше Кустуриця в інтерв'ю, опублікованому в книзі Le petit livre d'Emir Kusturica говорив про те, що зняти цей фільм було найсміливішим вчинком в його житті, так як порушуються в картині теми були табуйовані в соціалістичній Югославії. З фільму «Наречені приходять» почалася співпраця Кустуриці з оператором Вілько Філачем.
У 1979 році з'являється ще один телефільм - «Кафе" Титаник "» (сербохорв. Bife "Titanik") за романом Іво Андрича. Дія цього фільму, як і «Герніки», розгортається під час Другої світової війни в Сараєво.
«Чи пам'ятаєш ти Доллі Белл?"
У 1981 році відбувся повнометражний дебют Кустуриці з фільмом «Чи пам'ятаєш ти Доллі Белл?" (Босн. Sjećaš li se Doli Bel?), Що оповідав про дитинство і дорослішання сараєвського підлітка шістдесятих, роль якого виконав Славко Штімац. «Чи пам'ятаєш ти Доллі Белл?» - Перший югославський фільм, знятий не на офіційному сербохорватської мовою, а на його боснійському діалекті. Картина принесла Кустуриці перший великий успіх - приз за кращий дебютний фільм і приз ФІПРЕССІ на міжнародному кінофестивалі у Венеції.
«Час циган»
Третя картина Кустуриці, «Час циган» («Дім для повішення», сербохорв. Dom za vešanje, 1988) була створена за участю британських і італійських продюсерів. Знята в Македонії стрічка стала першим зверненням Кустуриці до циганської тематики і першим в історії кіно фільмом про циган циганською мовою. У головній ролі - підлітка Перхана - знявся Давор Дуймовіч, а саундтрек написав Горан Брегович, з яким Кустуриця співпрацював і в наступних двох своїх фільмах. За «Час циган» Кустуриця був удостоєний на Каннському кінофестивалі призу за режисуру.
Приблизно в цей же час режисер почав грати на бас-гітарі в сараєвської панк-рок-групі «Zabranjeno pušenje», яка незабаром тимчасово припинила своє існування.
США
Вже мав досвід викладання в кіношколі в Сараєво (з якої режисера звільнили після того, як він став учасником «Zabranjeno pušenje»), Емір Кустуріца був запрошений Мілошем Форманом читати лекції в Колумбійському університеті.
Сценарій, написаний студентом Кустуріци Девідом Аткінсом, після невеликого доопрацювання ліг в основу англомовного фільму «Арізонська мрія» (англ. Arizona Dream, 1993), в якому знялися «зірки» американського кіно Джоні Депп і Фей Данауей. На створення картини пішло дуже багато часу, і дата прем'єри неодноразово переносилася. Одержаний фільм не викликав захоплення у критиків і провалився в прокаті, хоча і був удостоєний премії «Срібний ведмідь» на Берлінському кінофестивалі. Таким чином, «Аризонська мрія» стала першою і, мабуть, останньою американською картиною Кустуриці: зараз режисер заявляє про те, що не хоче працювати в Голлівуді.
Повернення до Югославії
У 1992 році почалася Боснійська війна. Будинок сім'ї Кустуриці в Сараєві було зруйновано, батько режисера Мурат Кустуриця незабаром після цього помер від серцевого нападу. Сім'я знайшла притулок в Чорногорії. Бачачи, що відбувається з його країною, Кустуриця повернувся до Югославії для того, щоб почати роботу над новим фільмом - фантасмагоричним фільмом-притчею з елементами чорної комедії «Андеграунд» (серб. Подземље, англ. Underground) за сценарієм знаменитого югославського драматурга Душана Ковачевича.
«Андеграунд»
Фільм вийшов на екрани в 1995 році. У цій новій своїй режисерській роботі Кустуриця пов'язав минуле своєї країни з епізодами новітньої історії (початок війни на Балканах). Реакція критики на картину була неоднозначною, і Кустуриця, вирішивши, що його не зрозуміли, навіть заявляв, що йде з кінематографа. Тим не менше, «Андеграунд» приніс йому другу «Золоту пальмову гілку» кінофестивалю в Каннах, і Кустуриця став четвертим режисером, двічі завойовував цей приз (після Альфа Шеберг, Френсіса Форда Копполи і Білле Аугуста; пізніше це досягнення повторили Сехей Імамура та брати Дарденн ).
«Чорна кішка, білий кіт»
Через три роки Кустуриця знову повернувся до циганської теми. На відміну від «Часу циган», його новий фільм «Чорна кішка, білий кіт» (серб. Црна мачка білі мачор, фр. Chat noir, chat blanc, 1998), що виріс з проекту про циганської музики для німецького телебачення, був комедією. Картина була фаворитом Венеційського кінофестивалю в 1998 році, але не отримала головний приз, хоча Кустуріца був удостоєний «Срібного лева» за кращу режисуру. Співпраця з Гораном Бреговичем Кустуріца припинив після «Андеграунду», і музику до «Чорної кішки ...» написав Нелле Карайліч, який незадовго до початку роботи над фільмом створив свою версію сараєвської рок-групи «Zabranjeno Pušenje» (в якій він був вокалістом і співавтором пісень ) під новою назвою «The No Smoking Orchestra» і вже встиг випустити альбом «Ja nisam odavle», присвячений жертвам війни 1992-1995рр в Югославії.
Після цього фільму була тривала перерва, протягом якого Кустуріца був зайнятий в основному «The No Smoking Orchestra». Місце за ударною установкою в групі зайняв син режисера - Стрибор Кустуріца. У 2001 році режисер зняв документальний фільм про групу «Історії на Супер 8».
Тим не менше, не можна сказати, що в цей період Кустуриця не мав ніяких контактів з ігровим кіно - як актор він знявся у фільмах «Вдова з острова Сан-П'єр» (2000, реж. Патріс Леконт), «Хороший злодій» (2003, реж. Ніл Джордан), а також продюсував картину свого співвітчизника Душана Мілича «Полуничка в супермаркеті» (2003).
«Життя як диво»
У 2004 році після довгої перерви на екрани вийшов новий фільм Еміра Кустуріци «Життя як диво» (серб. Живіт је чудо, англ. Life is a miracle), в якому режисер знову звернувся до теми війни на Балканах, діючи в своєму улюбленому жанрі трагікомедії . У головній ролі знявся Славко Штімац, також на екрані з'явилися Весна Тріваліч, Мірьяна Каранович (що грала ще у фільмі «Тато у відрядженні»), Стрибор Кустуріца і два музиканти «The No Smoking Orchestra» - Нелле Карайліч і Деян Спараволо. Фільм «Життя як диво» був представлений на 57-му Каннському кінофестивалі, але отримав лише приз французької системи освіти. Тим не менш, без нагород картина не залишилася: за «Життя як диво» Кустуриця був удостоєний премії «Сезар».
У наступному, 2005 році, Кустуріца сам очолив Каннське журі, яке під його керівництвом присудило «Золоту пальмову гілку» фільму братів Дарденн «Дитя» (див. статтю Канський кінофестиваль 2005 року). У тому ж році він взяв участь у створенні кіноальманаху «Невидимі діти», поставивши один із семи епізодів цього фільму - «Синій циган».
«Заповіт»
Восьмий повнометражний фільм Кустуріци, прем'єра якого відбулася в травні 2007 року, отримав назву «Заповіт» (серб. Завіт, англ. Promise me this; в деяких джерелах можна зустріти російськомовну назву «Обіцяй мені це» або «Обіцянка»). З цією стрічкою Кустуриця брав участь у конкурсі 60-го Каннського фестивалю, і, в п'ятий раз взявши участь в цьому престижному кіноогляді, вперше не отримав жодного призу.
26 червня 2007 відбулася прем'єра панк-опери «Час циган», написаної музикантами «The No Smoking Orchestra» за мотивами однойменного фільму.
У 2008 році вийшов документальний фільм «Марадона» про знаменитого аргентинського футболіста Дієго Марадону. Прем'єрний показ відбувся на 61-му Канському кінофестивалі.